As mudas oriundas do Programa Atmosfera são plantadas em Unidades e Conservação e propriedades particulares, sobretudo em APPs (Áreas de Preservação Permanente).

A escolha das mudas reflete a condição de cada área, considerando características do solo, microclima e estado de degradação do local, além do combate a espécies invasoras que influeciam na manutenção da área.